Rulare programe Cell in Cluster

Cell are o arhitectura PowerPC, iar din cauza acestui fapt nu puteti compila programele voastre direct pe “fep.grid.pub.ro”. Pentru a va usura munca s-au creat 2 cozi asociate masinilor CELL:

  • ibm-cell-int.q - pentru COMPILARE (oricate lume poate intra)
  • ibm-cell-qs22.q - pentru RULARE (numarul este limitat la numarul de procesoare disponibil, astfel sa se asigure ca rezultatele obtinute sunt reale)

Pentru a compila si rula un program pe CELL trebuia urmariti pasii:

  1. Login pe fep.grid.pub.ro:
    ssh mihai.carabas@fep.grid.pub.ro
  2. Intram pe CELL pentru a ne compila programul:
    [mihai.carabas@fep-62-1 ~]$ qlogin -q ibm-cell-int.q
    Your job 546642 ("QLOGIN") has been submitted
    [...]
    mihai.carabas@cell-qs22-1.grid.pub.ro's password:
    Last login: Sun Mar 23 10:31:48 2014 from fep-62-1.grid.pub.ro
    [mihai.carabas@cell-qs22-1 ~]$
  3. Compilam programul nostru (HOME-ul disponibil pe fep.grid.pub.ro este acelasi cu cel de aici). NU rulati programe computational intensive aici (programe care sa dureze mai mult de 1 secunde pentru ca veti ingreuna accesul la masina):
    [mihai.carabas@cell-qs22-1 ~]$ make
  4. Iesim executand comanda exit si vom trimite programul spre executie pe coada ibm-cell-qs22.q. Preferabil este sa creati un script care va executa programul vostru:
    [mihai.carabas@fep-62-1 ~]$ cat script.sh
    #!/bin/bash
    
    ls
    [mihai.carabas@fep-62-1 ~]$ chmod +x script.sh
    [mihai.carabas@fep-62-1 ~]$ qsub -cwd -q ibm-cell-qs22.q script.sh

Puteti verifica cand s-a terminat folosind comanda “watch qstat”:

[mihai.carabas@fep-62-1 ~]$ watch qstat
job-ID  prior   name       user         state submit/start at     queue                          slots ja-task-ID
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 546643 1.00000 script.sh  mihai.caraba r     03/23/2014 10:42:08 ibm-cell-qs22.q@cell-qs22-4.gr     4

Output-ul il veti putea vedea cand se termina job-ul (dispare din lista qstat) intr-un fisier ce poarta numele scriptului (in cazul de fata “script.sh”) urmat de ID-ul jobului:

[mihai.carabas@fep-62-1 ~]$ ls -l script.sh.*
-rw-r--r-- 1 mihai.carabas studcs   0 Mar 23  2014 script.sh.e546643
-rw-r--r-- 1 mihai.carabas studcs 231 Mar 23  2014 script.sh.o546643
asc/cellcookbook/ncittutorial.txt · Last modified: 2016/04/21 13:42 by silvia.stegaru
CC Attribution-Share Alike 3.0 Unported
www.chimeric.de Valid CSS Driven by DokuWiki do yourself a favour and use a real browser - get firefox!! Recent changes RSS feed Valid XHTML 1.0